זהות בדויה - עונה ראשונה

שבע שנים קודם להתרחשויות בעונה הראשונה, סידני בריסטו הייתה סטודנטית לתואר ראשון, כאשר אדם שהתחזה לסוכן ה-CIA יצר עמה קשר, והציע לה לעבוד בסוכנות. סידני מקבלת את ההצעה, ונהיית לסוכנת שטח ביחידה למבצעים מיוחדים, SD6, המנוהלת בידי סוכן CIA לשעבר, ארווין סלואן.

בפרק הראשון בסדרה, היא מגלה לארוסה, דני הכט, שהיא עובדת כמרגלת. כתוצאה מכך שגילתה לאדם מחוץ לארגון את קיומו של SD6, ארוסה נרצח על ידי אנשי הארגון.

כתוצאה מכך, סידני מגלה מאביה (אותו חשבה עד אז לעוסק בייצוא חלקי מטוסים) כי אף הוא סוכן ב-SD6, וכי הארגון אינו יחידה למבצעים מיוחדים של ה-CIA, אלא חלק מברית השנים עשר, ארגון אויב לארצות הברית. סידני מציעה את שירותיה ל-CIA האמיתי, כסוכנת כפולה. הצעתה מתקבלת, והיא מתחילה במסע הארוך והמפרך להשמדתו של SD6 מבפנים, כאשר מפעילה הוא מייקל ווהן, סוכן CIA שאביו, סוכן אף הוא, חוסל על ידי סוכני KGB. בין סידני לווהן מתפתחים יחסים מיוחדים במהלך כל העונה. במהרה, היא אף לומדת כי אביה משמש אף הוא כסוכן כפול בתוך הארגון.

חלק מרכזי בקו העלילתי של העונה כולל את היחסים בין סידני לחבריה, תוך שהיא צריכה להסתיר מהם את שתי זהויותיה, כסוכנת SD6 וכסוכנת ה-CIA. וויל טיפין, עיתונאי מתחיל במקצועו, חוקר את מותו של דני הכט, ונשאב לתוך העלילה. אף חפציה של אמה של סידני עולים במהלך עונה זו.

בסיומה של העונה, לארח חיפוש אחר חפצים רבים מהמצאותיו של מילו רמבלדי, והעברתם ל-CIA, מגלים ווהן וסידני מקום בו הצליחו לפתח מכשיר גדול של 'מכונת מולר' (המופיע אף בפרק הראשון בסדרה), ובמהלך פיצוצו – ננעל ווהן וטובע בחומר היוצא מן המוכנה.